مراکز تحقیقاتی وابسته به پژوهشکده علوم پایه پزشکی:
مرکز تحقیقات فیزیولوژی-فارماکولوژی
سرپرست مرکز: دکتر مهدیه آذین
سال تأسیس: ۱۳۸۹
پروفایل علم‌سنجی مرکز

مرکز تحقیقات پزشکی ملکولی
سرپرست مرکز: دکتر حسین خرم‌دل آزاد
سال تأسیس: ۱۳۸۸
پروفایل علم‌سنجی مرکز
مرکز تحقیقات ایمونولوژی بیماری‌های عفونی 
سرپرست مرکز: دکتر حسین جاودانی
سال تأسیس: ۱۳۹۱
پروفایل علم‌سنجی مرکز